[실제 사례]

A기업은 국가 R&D 과제에 참여하던 중, 협력기관 B사가 사전에 개발한 기술을 기반으로 이를 별도 출원하여 ‘자사 단독 특허’로 등록하였다. 이후 A사는 해당 특허를 연구성과로 보고 정부과제를 수행하였으며, 후속 상용화 단계에서 정부의 추가 지원도 받았다. 그런데 B사는 자신이 해당 발명의 실질적 개발자임을 주장하며, 특허무효심판 및 직무발명보상청구를 제기하고, A사의 연구개발 사업 수행이 ‘부정한 방법’에 해당한다고 주장하며 참여제한 처분을 요청하였다.

이 사건에서 특허심판원은 A사의 특허가 무권리자 등록임을 인정하고 특허 무효 판결을 하였고, 행정기관은 이에 따라 A사에 참여제한 및 제재부가금 처분을 병행하여 부과하였다. A사는 해당 처분에 대해 행정소송을 제기하였으나, 기술 개발 시점, 실험기록, 개발자 진술 등이 B사에 유리하게 작용하여 처분은 정당하다고 판단되었다.

2. 제재처분에 대한 집행정지신청 없이 행정소송만 제기한다면? 

실무에서는 제재처분에 불복하여 행정소송을 제기하면서도, 집행정지 신청을 누락하는 경우가 빈번합니다. 이 경우, 행정처분의 효력은 그대로 유지되며 후속 법률관계에도 직접적인 영향을 미칩니다.

실제 민후가 자문한 사례에서는 공공기관이 특정 기업에 대해 연구개발 참여제한 처분을 하였고, 해당 기업은 곧바로 행정소송을 제기했으나 집행정지를 신청하지 않았습니다. 이에 따라 기관은 제재처분의 효력이 유효하다는 전제 하에 협약을 해약하고 정산 절차에 착수하였습니다.

이와 같은 경우 ① 집행정지를 신청하지 않은 경우, 제재처분은 효력이 계속 유지되지 여부, ② 협약 해약 시점이 처분일로부터 수개월 경과된 시점이라도 적법한지 여부, ③ 협약 해약이 「국가연구개발혁신법」 등 관련 법령에 위반되는지 여부가 중요 논점이 되었습니다.

결론적으로는 집행정지가 없는 이상 행정처분은 유효하며, 공공기관은 이를 근거로 협약 해약 등 후속조치를 취할 수 있습니다. 다만 해약 시점의 적정성과 절차 준수 여부는 별도로 검토되어야 하며, 위법 여부 역시 법리적으로 분석해야 합니다.

참여기관과 주관기관의 책임이 명확히 구분되는 구조에서는, 사유가 존재하지 않는 처분에 대해 집행정지를 통해 신속히 대응해야 합니다. 본안소송에서 승소하더라도 집행정지 없이는 처분 효력이 이미 발생할 수 있으므로, 초기 대응 단계에서 집행정지 신청이 필수적입니다.

3. 연구원이 부당한 참여제한 처분을 받은 경우

한 국립대학교 산학협력단 소속 연구원은 공공기관이 진행하는 R&D 과제에 참여기관 소속으로 참여하였으나, 주관기관이 사업목표를 달성하지 못했다는 이유로 연구원 개인에게까지 참여제한 처분을 받게되었습니다.

이 사건에서 해당 연구원은 사업의 후반부 기술 검증 업무만을 담당하였고, 핵심 문제는 주관기관의 자재 변경 및 공급 지연에 있었습니다. 이에 따라 연구원은 참여제한 사유가 성립되지 않는다는 점을 주장하여 집행정지 신청을 인용받고, 본안 소송에서도 승소하였습니다.

4. 무권리자 특허 등록과 관련한 참여제한 소송

공공사업에 참여한 기업이 타인의 기술을 무단으로 도용하여 특허를 선점한 뒤, 이를 기반으로 연구개발을 수행한 경우 무권리자 등록 문제가 발생합니다. 이와 관련하여 정당한 기술 개발자가 소급하여 특허권을 회복하고, 반대로 무단 등록 기업은 제재 대상이 되는 사례가 있습니다. 실제 유사 사례에서는 실질적 발명자가 정당한 권리자로 인정되어 기존 특허의 소급효가 인정되었고, 제재처분의 부당성도 함께 입증할 수 있었습니다.

실무상으로는 무권리자 출원임을 입증하면 정당한 참여기관임을 소급하여 인정받을 수 있으며, 특허무효심판과 병행하여 제재처분 취소소송을 진행하는 것이 바람직합니다.

5. 제재처분 권한의 유무에 관한 쟁점

일부 공공기관은 법령상 제재처분 권한이 없음에도 내부 지침이나 운영규정 등을 근거로 자의적으로 참여제한이나 부정당업자 지정을 시도하는 경우가 있습니다.

실제 사례에서는 지방출자출연기관 산하의 공공재단이 연구과제 참여자에 대해 자체적으로 입찰참가자격 제한을 통보하려 하였습니다. 그러나 해당 재단은 법령상 직접적인 제재처분 권한을 보유하고 있지 않았으며, 중앙행정기관의 승인 없이 이루어진 처분은 무효가 될 수 있다는 점을 들어 부당한 처분을 저지할 수 있었습니다.

공공기관이라고 해서 모든 행정처분 권한을 보유하는 것은 아니므로, 처분 주체의 적법성을 검토하여, 제재처분의 근거 법령과 권한 위임 여부를 반드시 확인해야 합니다. 일부 공공기관은 법령상 제재처분 권한이 없음에도 내부 지침이나 운영규정 등을 근거로 자의적으로 참여제한이나 부정당업자 지정을 시도하는 경우가 있습니다.

실제 사례에서는 지방출자출연기관 산하의 공공재단이 연구과제 참여자에 대해 자체적으로 입찰참가자격 제한을 통보하려 하였습니다. 그러나 해당 재단은 법령상 직접적인 제재처분 권한을 보유하고 있지 않았으며, 중앙행정기관의 승인 없이 이루어진 처분은 무효가 될 수 있다는 점을 들어 부당한 처분을 저지할 수 있었습니다.

공공기관이라고 해서 모든 행정처분 권한을 보유하는 것은 아니므로, 처분 주체의 적법성을 검토하여, 제재처분의 근거 법령과 권한 위임 여부를 반드시 확인해야 합니다.

「국가연구개발혁신법」은 제재처분의 제척기간을 과제가 종료된 날부터 10년으로 명시하고 있습니다. 따라서 과거 행위로 인해 갑작스럽게 처분을 받은 경우, 해당 제재가 제척기간을 초과했는지 여부를 우선적으로 검토해야 합니다. 시효 도과는 가장 명확한 처분 무효 사유로 작용할 수 있습니다.

또한, 연구개발 과제의 특성상 모든 사업이 성과를 달성하지는 않습니다. 과제가 당초 목표에 일부 미치지 못했더라도, 연구 수행의 성실성, 기술적 난이도, 외부 변수 등을 입증할 수 있다면 제재처분을 방어할 수 있습니다. 최근에는 과정 중심 평가의 중요성이 부각되고 있으나, 여전히 일부 과제에서는 성과지표 중심의 제재가 이루어지고 있어 이에 대한 자료 준비가 중요합니다.